Короче так:
1. Майн `кэширует` миры (по сути он держит активные чанки в памяти), командой save-all изменения сбрасываются на диск.
НО. Операционка кэширует обращения к диску. В результате изменения попадают на диск не сразу, а в течении нескольких секунд (иногда десятков секунд) после ввода save-all. Этот механизм во фре называется 'soft-updates'.
Если юзать плагин который сейвит и сразу бекапит - получится ситуация, что часть мира, не скинутая на диск не забекапится (забекапится не изменённая старая версия).
Очевидно, что копирование файлов на работающем сервере приведёт к аналогичным результатам.
2. Такая же байда будет если внезапно остановить яву без сейва миров. Изменения не попадут на диск - получается откат.
Алсо то что произошло сейчас - 2 случай. Потому что ведро слегка упало, и то что было в памяти не попало на диск.
Надеюсь понятно?